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相对于平层养猪，多层养殖总量大、单位面积内养殖密度也大，一旦发生疫情，将对内部生物安全构成巨大挑战。后备母猪引进、猪苗批次化外引是传播疫病的重要风险点，减少活猪引进的频率、甚至封群后禁止活猪引进，可以很大程度上切断传染源和传播途径。因此，强烈建议多层养殖采用自繁自养模式，种母猪更新内部循环，公猪全部外供，或定期从外部引入优秀公猪进行遗传改良。一是建立科学高效的场内种猪内部循环流程。种猪场自繁后备猪，通常布局在顶楼或高层，通过内部循环方式实现种猪更新。二是构建以交流为主的种猪改良模式。核心群封闭选育可有效降低生物安全风险，通过外部引进良种，可避免群体过度近交导致衰退，同时提升群体生产性能。
（二）内部生物安全。内部生物安全需要系统完善的管控措施，除常规灭鼠和蚊蝇控制外，多层养殖还应做到以下措施。一是在猪舍建设上避免废气与新鲜空气交叉。尽量避免采用传统平层养殖的负压通风模式，宜集中收集废气在顶层处理后高空排放。二是严格猪舍内部分层管控、避免交叉。严格遵守分区管控，层间避免人员、用具交叉，设置猪、人员通道、病死猪通道，划分净道与污道。尽量减少跨层猪只转群流动，猪舍通风、粪便处理、病死猪收集处理均需以楼层设置单独通道，实现立体化生物安全防控。以楼层为单位设计独立人员和猪只单向、封闭式流动专用通道。猪舍上、下楼层间的运猪电梯与赶猪通道之间应有相互独立间隔的管控区。三是实施“三分离”布局，强化猪群与环境监测。养殖场区环境布局需采用“三分离”，即净污分离、雨污分离、固液分离。运用信息化手段，建立猪群临床监测制度，定期进行养殖场内环境、猪群样本检测，特别是层间交叉点、电梯、环形转猪通道交叉口、病死猪转运通道等区域，做到疫情早发现、早处置。
